新疆阿勒泰畜牧兽医职业学校前身为阿勒泰地区（创建时为专区）农业学校，校址设在原阿勒泰县第一小学所在地位于阿勒泰市团结路，交通便利。1962年秋停办，1965年秋，阿勒泰地区恢复阿勒泰农校，校址设在阿勒泰县红卫公社，是阿勒泰地区一所养殖畜牧兽医类职业中专教育学校。1980年至1984年由于中专学校调整，停止招生。1987年12月根据自治区新政字[1987]248号文件精神，农校和农机校正式合并成综合性的中等农业学校。1988年校址迁至阿勒泰军分区后勤部（即现址）。1990年根据自治区人民政府新政函[1990]103号文件精神更名为阿勒泰畜牧学校。2006年6月，根据自治区教育厅新教函[2006]37号文件和阿行办发[2006]86号文件精神，将阿勒泰畜牧学校更名为新疆阿勒泰畜牧兽医职业学校。建校四十七年来，学校历经五次搬迁，四次停办，三次撤并，四次更名。学校用汉、哈两种语言授课，是一所以畜牧兽医专业为主的农业综合学校。