甘肃中医药大学藏医学院与甘南州卫生学校为两块牌子、同一建制。甘南州卫校从1979年起就开办藏医士中专教育。1989年，经甘肃省政府同意、甘肃省教委批准，甘南州人民政府和甘肃中医学院（现为甘肃中医药大学）在甘南卫校联合开办藏医大专班，设立甘肃中医学院藏医系。2001年扩大为藏医学院，设置5年制藏医学本科专业。 2009年藏医学专业获得硕士学位授予权。2013年开始招收硕士研究生。同年，经国家教育部批准设置藏药学4年制本科专业并招生。（甘南卫校1979年建校。2006年被甘肃省教育厅评定为“省级重点中等职业学校”，2010年被国家教育部评定为“国家级重点中等职业学校”，是甘南州迄今为止唯一一所国家级重点中等职业学校。）