新疆大学科学技术学院成立于2002年8月，2004年1月，通过国家教育部关于办学资质审核批准为独立学院，是一所以工学、经济学为主，管理学、文学、法学等各学科协调发展的应用型本科大学。2014年6月，新疆大学与阿克苏地区行署合作办学，在阿克苏地区建设新疆大学科学技术学院（阿克苏校区）。
新疆大学科学技术学院现校址位于阿克苏地区温宿县新城区学府路1号，校区规划建设用地2856亩，分为一期、二期和三期建设，总规划建筑面积68.7万平方米。一期校园建设已基本完成，建设用地2300亩，共投入建设资金15亿元，完成建筑面积34.3万平方米，2015年-2017年共招生4000余人，乌鲁木齐校区不再招生。